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有些穴盘苗本身带有根部病虫害，如根结线虫，如果这类苗子栽入地中，会引入线虫，因此在商品苗运输购买中一定要注意苗子本身的带病问题。苗床铺设不当造成根系下扎穴盘育苗作为护根育苗的一种，其优点之一是避免定植时对幼苗根系的损伤。但现在很多育苗厂由于苗床设置不当，造成根系大量伸出穴盘底部，定植时幼苗根系损伤很大。根系有喜水特性，如果苗盘直接放在地表，或者能保持水的物体上如穴盘底部铺塑料薄膜毡布等，会造成根系大量伸出苗盘，将来定植时造成根系大量受损。
  防止根系下扎伸出穴盘正确的做法是穴盘放在苗床上，或者穴盘放在地面地布上。运输不当，造成幼苗质量下降运输对幼苗的质量有很大影响，特别是高温季节和寒冷季节运输幼苗。水分管理是一项很重要的工作，应该让有经验的管理者来进行此项工作，但很多育苗厂认为浇水很简单，在管理上存在很多误区。喷头质量较差，造成浇水不均匀工厂化育苗浇水是个重要的管理环节，不好的喷头一是容易堵塞，浇水不均匀，有的地方还滴水，造成穴盘有的地方干，有的地方湿度又太大。
  选个好的喷头很重要，合理布置间距，经常检查清洗过滤网，防止堵塞。浇水时间要选好，防止夜晚叶片表面有水珠夏季高温育苗，夜晚叶片要保持干燥，如果叶片有水，夜晚高温，容易诱发病害，苗子容易徒长。一是浇水时间，之后尽量不要浇水。二是之后开风机时尽量不要再开湿帘，特别是夜晚，尽量不开湿帘，防止夜间湿度过大。高温季节避免中午时浇灌进水，防止幼苗受冷水刺激，影响生长。浇水过多造成茎叶生长量过大夏季为防止缺水，往往浇水量过多。
  浇水量过多，基质表面容易出现绿藻，根茎部容易诱发病害；地上部茎叶茂盛，而根系相对稍差，这种苗子在穴盘中看着较好，但定植到田间后则缓苗慢，生长势弱。另外苗子也不容易从穴盘内拔出。正确的浇水也应该见干见湿，干长根，湿长叶。发芽率种子发芽率低造成苗盘不齐。穴盘育苗一定要选用发芽率高，发芽势高，发芽整齐一致的种子，发芽率至少要达到%以上。如果发芽率低，不仅是造成苗子不够的问题，浪费了基质人工，浪费了空间等等，会造成育苗费用成倍的增长。
  可采取每个穴盘有%左右的播粒种子，便于将来补苗。造成种子发芽率低的原因除了种子方面的因素之外，在高温季节育苗过程中与以下因素有关。种子高温闷死不发芽高温季节育苗，播种后在夏季高温季节基质内部温度会达到℃，这种温度条件下，会造成种子窒息死亡。应采取措施降低基质内部温度，如遮阳选择阴天播种等。夏季高温播种后，一般从:-:前，要设层遮阳网遮荫。使白天温度在~℃为宜，夜温尽可能降低。覆盖遮阳网后仍要坚持放风，以防蒸苗。