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从原理上讲，水解(酸化)是厌氧消化过程的 、二两个阶段但水解(酸化)工艺和厌氧消化追求的目标不同，因此是截然不同的处理方法，水解(酸化)系统中的的目的主要是将原水中的非溶解态有机物转变为溶解态有机物，特别是工业废水处理，主要是将其中难生物降解物质转变为易生物降解物质，以利于后续的好氧生物处理，水解(酸化)主要用于低浓度难降解废水的预处理。
在混合厌氧消化系统中，水解酸化是和整个消化过程有机地结台在一起，共处于一个反应器中，水解、酸化的目的是为混合厌氧消化过程中的甲烷化阶段提供基质。而两相厌氧消化中的产酸段(产酸相)是将混合厌氧消化中的产酸段和产甲烷段分开，以便形成各自的佳环境，产酸相对所产生的酸的形态也有要求(主要为乙酸)，废水中如含有高浓度的硝咳盐、亚盐、硫酸盆、亚硫酸盐时。
这些物质及其转化产物不仅对甲烷苗有毒。而且影响沼气的质量，也在产酸相中予以去除。尽管水解(酸化)一好氧处理工艺中的水解(酸化)段、两相法厌氧发酵工艺中的产酸相和混合厌氧消化工艺中的产酸过程均产生有机酸。但由于三者的处理目的不同。各自的运行环境和条件存在着明显的差异，主要表现在以下几个方面：，(1)Eh不同，由于完成水解、酸化的微生物和产甲烷微生物共处于同一反应器中。